clustalx下载安装使用方法教学

这是多重序列比对程序的Windows版本。Clustal X为进行多重序列和轮廓比对和分析结果提供一个整体的环境。

序列将显示屏幕的窗口中。采用多色彩的模式可以在比对中加亮保守区的特征。窗口上面的下拉菜单可让你选择传统多重比对和轮廓比对需要的所有选项。

你可以剪切、粘贴序列以更改比对的顺序；你可以选择序列子集进行比对；你可以选择比对的子排列(Sub-range)进行重新比对并可插入到原始比对中；可执行比对质量分析，低分值片段或异常残基将以高亮显示。

安装方法

1、下载解压文件，找到clustalx.msi双击安装

clustalx下载安装使用方法教学图一

2、选择安装位置C:Program Files (x86)clustalclustalx

clustalx下载安装使用方法教学图二

3、准备安装，点击install进入安装

clustalx下载安装使用方法教学图三

4、安装完成

clustalx下载安装使用方法教学图四

使用方法

1.载入序列：运行ClustalX，主界面窗口如下所图（图1），依次在程序上方的菜单栏选择“File”－“Load Sequence”载入待比对的序列，

2.编辑序列：对标尺(Ruler)上方的序列进行编辑操作，主要有Cut sequences(剪切序列)、Paste sequences(粘贴)、Select All sequences(选定所有序列)，Clear sequence Selection(清除序列选定)、Search for string(搜索字串)、Remove All gaps(移除序列空位)、Remove Gap-Only Columns(仅移除选定序列的空位)

3.参数设置：可以根据分析要求设置相对的比对参数。通常情况下，我们可以使用默认参数。比对参数主要有六个，分别是Reset New Gaps before Alignment(比对前重置新的空位参数)，Reset All Gaps before Alignment（比对前重置所有空位参数），Pairwise Alignment Parameters（两两序列比对参数），Multiple Alignment Parameters（多重序列比对参数），Protein Gap Parameters（蛋白空位参数），Secondary structure Parameters（二级结构参数）

修改参数只需点击相应标签，示例比对的是多序列比对，故可选择“Multiple Alignment Parameters”弹出参数设置窗口，如图5所示：

4.完全比对：返回菜单栏选择“Complete Alignment”标签，此时会弹出输出文件路径的设置窗口，设置Guide Tree File（向导树或指导树文件）、Alignment File（比对文件）的保存位置（存放路径），点击“Align”按钮程序自动开始序列的完全比对，比对所需时间因序列文件大小和长度、计算机性能而异

clustalx下载安装使用方法教学图五

例子说明

A、B、C三条序列比对.

其实就是

A和B比

A和C比

B和C比

同理n条多序列比对就是做nC2次两序列比对，因此多序列比对的本质就是多次两条序列比对，也就是某条序列和其余的各个序列都进行一次比对.那么参数的设置当然就是设置两条序列比对时的规则就可以了.

Clustalx的多序列比对算法是基于双序列比对的，它先将所有序列两两比对，然后根据两两比对结果构建指导树，再根据指导树依次添加相似度最高的序列，直至全部序列都被加入.所以对双序列比对参数的设置是Clustalx进行多序列比对所必需的~

以上就是clustalx下载安装使用方法教学，希望大家喜欢