clustalx下载使用教学

这是序列比对分析软件，用于多重比对不同物种的序列，以确定该序列与其它序列间的同源性大小，是生物学上用来研究分子序列的应用程序，在对核酸与蛋白序列进行多序列比对时就要用到它。

使用方法

1.载入序列：运行ClustalX，主界面窗口如下所图（图1），依次在程序上方的菜单栏选择“File”－“Load Sequence”载入待比对的序列，

clustalx下载使用教学图一

clustalx下载使用教学图二

2.编辑序列：对标尺(Ruler)上方的序列进行编辑操作，主要有Cut sequences(剪切序列)、Paste sequences(粘贴)、Select All sequences(选定所有序列)，Clear sequence Selection(清除序列选定)、Search for string(搜索字串)、Remove All gaps(移除序列空位)、Remove Gap-Only Columns(仅移除选定序列的空位)

clustalx下载使用教学图三

3.参数设置：可以根据分析要求设置相对的比对参数。通常情况下，我们可以使用默认参数。比对参数主要有六个，分别是Reset New Gaps before Alignment(比对前重置新的空位参数)，Reset All Gaps before Alignment（比对前重置所有空位参数），Pairwise Alignment Parameters（两两序列比对参数），Multiple Alignment Parameters（多重序列比对参数），Protein Gap Parameters（蛋白空位参数），Secondary structure Parameters（二级结构参数）

clustalx下载使用教学图四

修改参数只需点击相应标签，示例比对的是多序列比对，故可选择“Multiple Alignment Parameters”弹出参数设置窗口，如图5所示：

clustalx下载使用教学图五

4.完全比对：返回菜单栏选择“Complete Alignment”标签，此时会弹出输出文件路径的设置窗口，设置Guide Tree File（向导树或指导树文件）、Alignment File（比对文件）的保存位置（存放路径），点击“Align”按钮程序自动开始序列的完全比对，比对所需时间因序列文件大小和长度、计算机性能而异

clustalx下载使用教学图六

例子说明

A、B、C三条序列比对.

其实就是

A和B比

A和C比

B和C比

同理n条多序列比对就是做nC2次两序列比对，因此多序列比对的本质就是多次两条序列比对，也就是某条序列和其余的各个序列都进行一次比对.那么参数的设置当然就是设置两条序列比对时的规则就可以了.

Clustalx的多序列比对算法是基于双序列比对的，它先将所有序列两两比对，然后根据两两比对结果构建指导树，再根据指导树依次添加相似度最高的序列，直至全部序列都被加入.所以对双序列比对参数的设置是Clustalx进行多序列比对所必需的~

汉化说明

直接释放本压缩包到任意目录后后运行主程序即可！

程序中专业性的术语因个人译法不同，特附参考翻译说明，不当之处还望大家批评指证，以臻完善！

本软件资源主要为ASCII资源，已完美汉化之，并为主菜单添加了相应快捷方式以方便使用:-）

特别感谢汉化新世纪论坛雅枫兄帮忙解决了软件中字体的美化问题，并特别添加了XP样式:-)

以上就是clustalx下载使用教学的全部内容。