多序列比对工具

一款非常专业的多序列比对软件，Jalview官方版界面简洁友好，功能实用，操作简单，用户需要先安装相应的java组件才能够正常使用，软件可以有效地显示、分析和跟踪多个序列对齐，除此之外，软件还提供了人性化的导入导出选项，可以以从到Fasta (Pearson)、GCG-MSF、ALN/ClustalW、AMPS块文件、NBRF/PIR(包括MODELLER变体)或Pfam/Stockholm导入或导出数据，非常的方便实用。

软件特色

1、人性化的序列显示方式

2、支持对文字进行调整

3、自带丰富的着色方案

4、支持自定义着色方案

5、可以依照保守性调整字母的颜色

6、支持导出保存为主流的文件格式

安装步骤

1、双击“install-jalview.exe”安装

多序列比对工具图一

2、点击next出现安装说明

多序列比对工具图二

3、一直next安装就可以了

多序列比对工具图三

使用教程

如何设置每行显示的残基数?

通过在Format 菜单下，点击Wrap ，可使序列窗口中的序列的展示方式由“单段”显示变为“分段”显示，用鼠标拖动序列窗口边缘改变窗口宽度的同时，每行显示的残基数随之改变，如下图。

如何预测得到蛋白的二级结构？

仍以lala.aln文件为例，Web ServiceSecondary Structure PredictionJPred SecondaryStructure Prediction，如果未选择序列或者选了多条序列，会直接使用比对后的文件，默认以最上边的一条序列进行预测，速度较快。如果只选择其中的一条序列，Jalview会自动提交到 JPred 服务器进行比对和预测，花费时间较长（需要几分钟）。最终的预测结果会在新的窗口显示，如下图。

多序列比对工具图四

JNetPRED （prediction）即为预测结果，α螺旋（helices）用红色的条形（red tubes）表示，β折叠（sheets）用绿色箭头表示（green arrows），JNetHMM 和JNETPSSM一样，只是基于HMM 和PSSM两种方法[1]。JNetCONF (confidence)是可信度估计，值越大越可信。

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如何设置每行显示的残基数？

通过在Format 菜单下，点击Wrap ，可使序列窗口中的序列的展示方式由“单段”显示变为“分段”显示，用鼠标拖动序列窗口边缘改变窗口宽度的同时，每行显示的残基数随之改变，如下图。

多序列比对工具图五

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不想看到序列下方的“一堆”怎么做？

在Annotations菜单下，点击Show annotations，取消显示annotations即可，如下图。

多序列比对工具图六

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怎么拿到对位序列的Consensus Logo图？